La Clorhexidina es un compuesto perteneciente al grupo de las bisguanidas que se ha usado durante más de 50 años por su gran eficacia microbicida a nivel médico-quirúrgico como odontológico, donde se ha posicionado como una de las más importantes herramientas antisépticas de la cavidad oral. Su espectro abarca virus cubiertos como los coronavirus, bacterias gram positivas y gram negativas (aunque de menor efecto sobre varias de estas últimas), hongos y levaduras. El tener propiedades tan importantes como efectividad, inocuidad y sustentabilidad, han hecho que su empleo se haya extendido ampliamente en el campo hospitalario humano y veterinario. Cuando se aplica sobre la piel o la cavidad oral no se absorbe de manera relevante, ni irrita, pero mantiene intacto por horas (6 a 9 e incluso más) su poder microbicida. No se inactiva apreciablemente ante la presencia de material orgánico como secreciones, fluidos y saliva. Suele formularse como parte de jabones antibacteriales, champús antibacteriales, geles dentales, geles antibacteirales, soluciones tópicas, enjuagues orales, colutorios y preparaciones desinfectantes.

En el campo veterinario en la actualidad, se ha convertido en uno de los antisépticos más utilizados en la misma variedad de productos que en el campo humano.

Su baja toxicidad le ha permitido ser empleado aún en neonatos y en pacientes con quemaduras. No deberá aplicarse por vía ótica, neural u ocular pues por estas vías puede llegar a ser tóxica.

Las concentraciones de uso cuando se trata de su empleo a nivel oral se encuentran entre el 0.1 al 0.3 %. Para su aplicación en la piel las soluciones antisépticas recomendadas están sobre 0,5 al 1 %, aunque en soluciones jabonosas para uso quirúrgico se usa al 4%, pero con enjuague posterior.

La clorhexidina por su carácter catiónico, se inactiva fácilmente cuando entra en contacto con sustancias aniónicas, por lo que nunca deberán hacerse mezclas de esta, con otros desinfectantes como el yodo, el cloro o con detergentes comunes. En mezcla con alcohol etílico detergentes catiónicos se incrementa su espectro microbicida. Las soluciones desinfectantes que contengan este compuesto deben ser mantenidas en recipientes protegidos de la luz, porque está la inactiva.